國庫設立之目的，乃為協助政府各機關處理現金、票據、證券及財產契據等之財務收支、存儲及保管等事務，中央政府各機關專戶存管之款項，應依規定在國庫經辦行開立機關專戶存款帳戶存管，且在專戶存款餘額內辦理支付。透支事務係銀行一般授信業務，非屬國庫業務規定之範疇。國立院校校務基金定期性存款經其主管機關同意辦理質借者，得依金融監督管理委員會訂定之定期性存款質借之相關規定辦理。