受款人或執票人喪失國庫機關專戶存款支票，申請掛失止付程序如下：
一、 請先以口頭方式通知付款之國庫經辦行。

二、 檢具下列文件向付款之國庫經辦行辦理掛失止付：
（一）遺失票據申報書(pdf檔案)(用紙請洽國庫經辦行）。
（二）票據掛失止付通知書一式三份(pdf檔案)（用紙請洽國庫經辦行）。
（三）支票票面載有禁止背書轉讓者，應先將票據掛失止付通知書送請原發票機關簽證。
（四）掛失止付通知人身份證明文件；如通知人係公司行號時，除公司設立或變更登記表正本外，並備齊其負責人身份證明文件。
（五）如係委託他人代辦時，應附委託書。

三、 國庫經辦行辦妥掛失止付手續後，通知人應持國庫經辦行簽章之票據掛失止付通知書乙份，向當地地方法院辦理公示催告手續，並於五日內將公示催告證明文件向受理之國庫經辦行提示，否則止付通知失其效力。但支票票面載有禁止背書轉讓者，得免向法院申請辦理公示催告程序。

四、 俟公示催告期滿（約六個月）,取得法院除權判決證明書後，向原受理國庫經辦行申領掛失票款。

五、 禁止背書轉讓支票，經向付款國庫經辦行辦妥掛失止付手續後，可持國庫經辦行簽證之掛失止付通知書，向原發票機關申請補發支票。

六、 經國庫經辦行保付之支票，不得辦理掛失止付。

七、 尋獲已掛失國庫機關專戶存款支票時，應依下列規定辦理：
（一）通知人應填具「撤銷票據掛失止付申請書」(pdf檔案)，向原受理國庫經辦行撤銷掛失止付；其票面載有禁止背書轉讓者，須先經原發票機關於該申請書上簽證尚未另行補發支票。
（二）已向法院辦理公示催告者，應先取得法院受理撤銷公示催告之證明文件，檢同「撤銷票據掛失止付申請書」，向原受理國庫經辦行撤銷掛失止付。