我國國庫主管機關為財政部，本行為國庫代理機關，接受財政部委託經理國庫，經管中央政府及其所屬機關學校有關現金、票據、證券之出納、保管、移轉及財產契據之保管事務，包括國庫存款戶之經理、機關專戶存款之收存、國庫款移轉及調撥、國庫財物之保管，本行除自辦外，並視需要委託其他金融機構代辦上述事務；至於雙方之權利義務，除受法令之特定限制外，由本行與財政部簽訂代理國庫契約予以規範。
由於各金融機構在本行均設有帳戶，國庫收支透過本行國庫收支連線系統及支付清算系統運作，傳送國庫收付資訊及辦理國庫款調撥作業，有利國庫資金之統籌保管與調度，以及相關資訊的整合運用，有效掌握國庫存款餘額及國庫資金收付資訊，俾利本行貨幣政策順利執行。
參考資料連結：
財政部委託中央銀行代理國庫契約
一、國庫存款戶之經理
        我國財政係採統收統支原則，由財政部在中央銀行開立「國庫存款戶」，中央政府各機關的收入及支出，原則上皆透過此一存款帳戶集中管理。國庫收入方面，中央政府各機關的收入，由繳款人直接向本行及轉委代辦國庫業務金融機構之國庫經辦行(以下簡稱國庫經辦行)臨櫃繳納或收支轉帳，國庫經辦行代收之庫款資料透過國庫收支連線系統傳送中央銀行，由本行彙總並當日列收「國庫存款戶」；繳款人亦可透過財金公司e-bill全國繳費網線上繳納，或至一般銀行辦理匯款直接繳入「國庫存款戶」。國庫支出方面，中央政府各機關的支出，由財政部簽發中華民國國庫支票交付受款人，由其至本行與國庫經辦行臨櫃兌領，或以轉帳、匯款方式直接存入受款人帳戶。該等款項，均由本行自「國庫存款戶」列帳支付。
參考資料連結：
國庫收支連線作業要點
國庫集中支付作業要點
國庫支票管理辦法

二、國庫機關專戶存款之收存
       中央政府各機關的收入，原則上應予繳庫，歸入國庫存款戶；但依法律規定或因款項性質特殊，經財政部同意者，可在本行或當地的國庫經辦行開立國庫機關專戶存款帳戶存管，支用時得簽發國庫機關專戶存款支票或洽國庫經辦行依約定方式辦理。
國庫機關專戶存款依性質分為零用金、經費款、保管款及特種基金，除零用金及經費款戶不予計息外，其他帳戶得按代庫機構與存款機關商定之條件計息。
參考資料連結：
中央政府各機關專戶管理辦法
國庫機關專戶存款支票使用須知 

三、國庫款移轉及調撥
       為因應代庫機構彙整收付資料需要，本行在各代庫機構開設「庫款專戶」，由本行撥存各代庫機構定額之不計息庫款額度，代庫機構代收之繳庫收入款項及代付之庫款彙總列帳數，超過前述額度時，於次一營業日由本行調回，如有不敷支付時，再由本行於當日或次日予以撥補。
代庫機構各國庫經辦行所收存之國庫機關專戶存款，不必提存存款準備金；未計息部分，除可保留40%作為備付金外，其餘60%轉存本行集中保管，每月調整一次，中央銀行對轉存款不予計息。
參考資料連結：
國庫收支連線作業要點

四、國庫財物之保管
       中央政府各機關所經管之票據、證券及財產之契據等財物，應送存本行或當地的國庫經辦行以原封或露封方式保管。
參考資料連結：
代庫機構辦理國庫保管品收付作業要點

五、國庫業務之委託及督導
       本行依法得轉委其他金融機構代辦國庫事務或辦理代收國稅事務，金融機構符合中央銀行規定之財務條件者，得視業務需要提出申請，經本行同意後設置國庫經辦行辦理國庫事務，或由其所屬營業單位代收國稅。代庫機構之權利義務，由雙方簽訂契約訂之，本行除依規定督導代庫機構業務外，並得依規定徵提擔保品或終止委託。
參考資料連結：
中央銀行委託金融機構辦理國庫事務要點
中央銀行委託金融機構代收國稅事務要點
代庫機構辦理國庫收付事務要點