支付系統之運作涉及證券交割之款項清算，爰中央銀行除建置同資系統RTGS機制外，並同意證券交割系統連結同資系統，讓證券交割款項即時透過同資系統收付，以提升證券交割款項清算效率。

早期票券商之間或票券商與投資人之間係個別交易，並各自以總額或淨額方式交割款項，而且，票券之買賣交割係以實券或存摺（保管條）點收。由於款券分開交割，一方違約，即產生風險。鑒此，相關主管機關與業者乃共同推動建立票券集中保管結算交割制度。新制於93年4月實施，藉由中央銀行同資系統與票券集保結算交割系統之連結，採行款券同步交割機制。95年初級市場承銷量6.44兆元，次級市場交易量68.01兆元，整體交易量合計74.45兆元。

債券及票券同為金融市場之固定收益商品。鑒於93年4月票券已採集中保管結算交割制度，為提升其他固定收益商品之結算交割效率，讓市場參與者面對單一窗口作業，以及實施款券同步交割降低清算風險，自95年7月起，集保結算公司辦理之公司債、金融債、債權型受益證券及外國債券等議價買賣交易，均可讓市場參加人選擇款券同步交割，有關之款項清算亦經由中央銀行同資系統辦理。95年交易金額91.12億元。

我國上市、櫃股票交割款項淨額原係透過商業銀行清算，鑒於世界主要證券市場，如英國、美國、日本、加拿大、澳洲及香港等均已採中央銀行清算模式，爰依據行政院「金融服務發展綱領及行動方案」中有關之決議，中央銀行同意將其納入同資系統即時清算，並於本（96）年7月實施。95年上市股票成交值23.90兆元，上櫃股票成交值5.12兆元，合計29.02兆元。

為提昇公債次級市場交易效率，證券櫃檯買賣中心於89年7月建置公債等殖成交系統，並結合中央銀行中央登錄債券系統，提供淨額結算交割功能。原本公債等殖成交系統結算之交割款項淨額亦透過商業銀行辦理，為改進其款項清算，中央銀行同意將其納入同資系統即時收付，並配合上述股款清算，一併於96年7月實施。95年成交值89.62兆元，交易總額179.24兆元，占全體債券市場之65.02﹪。